Para 1829 el caos en la Gran Colombia era total, ocho años no habían sido suficientes para construir un Estado, sus dirigentes políticos se habían pasado en permanentes intrigas, disputas, amenazas y confrontación militar. Había problemas entre Bolívar y Santander, Páez y Bolívar, Mosquera y Obando, Flores y Elizalde, Flores y Obando, Flores y La Mar. La lista era interminable. Entre ellos buscaban la manera de hacerse daño, sin interesarles el futuro de la Gran Colombia. Desde 1826, Guayaquil había vivido prácticamente un estado de sitio; venezolanos, colombianos y peruanos querían ejercer poder en la ciudad, por su ubicación privilegiada y por ser emporio económico, donde estaban las rentas producidas en la Aduana.
El permanente estado de sitio fue rechazado frecuentemente por los guayaquileños quienes buscaron la manera de salirse de la Gran Colombia, como lo confirma una carta de Flores a La Mar del 22 de Junio de 1827: