Olmedo muchas veces habló de las inmejorables cualidades de Rocafuerte, de su ilustración, de su bondad de espíritu hacia el pueblo, hacia los pobres, siempre lo disculpaba porque lo reconoció como sincero, como convencido de lo que hacía sin doblez y le apreciaba enormemente.
Entonces se fragua en Guayaquil, la primera Revolución auténticamente ecuatoriana, el 6 de Marzo de 1845. Fecha histórica, por ser el inicio de un periodo auténticamente nacional e independiente.
Los principales protagonistas de esta Revolución son costeños, reinvindicándose los colores azul-celeste y blanco, como los colores de la bandera nacional que identifican a la patria toda.
El 18 de Febrero de 1845 se convocó a la Convención Nacional en Ambato, con al intención de forma un pacto de unión, entre los pueblos del Ecuador, establecer la Constitución y nombrar a los altos Funcionarios de la República.
Olmedo concurrió como diputado de la provincia del Guayas , instalada oficialmente la convención el 22 de Junio, se eligió a José Joaquín de Olmedo como presidente de la misma.
El primer acto fue confirmar en el mando a Vicente Rocafuerte con el título de Presidente provisorio, cesando sus facultades extraordinarias.
En Esta convención el punto más dificil como ha quedado dicho fue la elección de Presidente de la república. Además los diputados coincidieron que era imposible la formación del Estado Confederado de Colombia, cada nación aspiraba ser plenamente soberana, ya no se diría más, «El Ecuador en Colombia».
Olmedo era partidario decidido y convencido de esta igualdad o paridad de diputación, por su concepto, medio federalista, de que el Ecuador estaba compuesto entonces por tres departamentos: Guayas, Pichincha y Azuay. División territorial ideada por colombianos, en perjuicio de la unidad de la libre determinación del pueblo de la Provincia de Guayaquil, del 9 de Octubre y del 11 de Noviembre de 1820.
Después de la Revolución del 6 de Marzo de 1845, los diputados Vicente Rocafuerte, Pedro Moncayo y muchos otros liberales de notable prestigio, apoyaron a Olmedo en la elección para presidente de la república.
El 3 de Octubre de 1845 se reunió la Convención de Cuenca para dictar una nueva carta política y elegir mandatarios.
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