Gran Colombia ha sido muy poco estudiada por historiadores ecuatorianos, quizá porque la mayoría eran sucesos costeños; al predominar los libros de historiadores de las provincias serranas, no hubo interés. Gran Colombia, pudo ser como EE.UU. cuyas primeras colonias fueron Estados luego de la Independencia, pero no fue así, en la práctica causó enorme perjuicio económico y la provincia de Guayaquil no logró ningún beneficio. El sueño de Bolívar, quedó en sueño. Fueron años convulsionados, con enfrentamientos y derramamiento de sangre, cantidad inmensa de recursos económicos se perdieron. La decadencia de Gran Colombia comenzó con la promulgación de la Constitución boliviana en 1826 y la implementación autoritaria. Ocasionó levantamientos en diferentes sitios de Gran Colombia, la Convención de Ocaña, guerra entre Colombia y Perú por la disputa de Guayaquil.
Bolívar descuidó la administración política de los territorios liberados; pensó que el centralismo era solución para consolidar Gran Colombia. En 1826 Bolívar modificó la Constitución de Cúcuta con la de Bolivia, para tener control absoluto de Gran Colombia. Al empezar las protestas en Colombia, a 1826 los representantes de Bolívar en Guayaquil, entre ellos Tomás Cipriano Mosquera, Intendente de la provincia, aprovechando que el Libertador venía a Guayaquil, movilizaron sus esfuerzos para que la ciudad le diera poderes dictatoriales, así se ponía el ejemplo, a seguir por otras ciudades. Bolívar sostenía que le era penoso asumir poderes dictatoriales, pero el federalismo no funcionaba, admitiendo que en pueblos más avanzados, sí; centralizar todos los poderes en él era única forma de unir las naciones. Estaba equivocado.
El 28 de agosto,1826, en un Cabildo abierto, Guayaquil concedió a Bolívar poderes dictatoriales, días después siguió Quito. En la Biblioteca Municipal no están las actas. Quería conocer su contenido y quienes firmaron. En julio, 1822, hubo la carta de “todos” los guayaquileños pidiendo la anexión a Colombia, pero en acta de sesión del Cabildo, quedó constancia que fue fraudulenta; Niños y personas que no vivían en Guayaquil se encontraban en la carta. ¿en el caso de 1826, sería manipulación de Mosquera y subalternos, similar a lo sucedido en 1822? La supuesta calma duró pocos meses, en 1827 el Cabildo y guayaquileños, cansados de que Bolívar seguía imponiendo impuestos y violando la Constitución, decidieron no reconocer las autoridades. Se inició un estado de sitio que duró el resto del año para posteriormente los peruanos tomarse el sur del país, incluyendo Guayaquil. El 16 de abril, 1827, el Cabildo destituyó a las autoridades por ejercer funciones inconstitucionales que vejaban y oprimían las libertades públicas. José La Mar fue nombrado por aclamación, máxima autoridad política y militar. Antonio Elizalde fue nombrado Comandante de las armas, bajo las órdenes de su tío La Mar. Esto sucedía cuando un ejército peruano había desembarcado en Manabí. Elizalde comunicaba que Guayaquil era libre, que la fuerza pública sólo obedecería a las autoridades nombradas por el Cabildo y que la división peruana había llegado para romper las cadenas. La máxima autoridad militar peruana comentó que el movimiento en contra de Bolívar tenía como único objetivo sacrificarse por la libertad del Perú y las otras naciones.
El 28 del mismo mes, el Cabildo se dirigió al Gobierno de Colombia recordando que el Departamento de Guayaquil había hecho enormes sacrificios para la gloria de Bolívar y había recibido una dura recompensa. Se quejó de que los dirigentes políticos y militares “…insultaban la moral pública y todas las garantías y derechos sociales, el espíritu público se aniquiló…”. Las posiciones encontradas aumentaron de tono hasta que Juan José Flores amenazó con invadir Guayaquil, pero el Cabildo no se intimidó y el 12 de junio hizo responsable a Flores “..de las desgracias que sobrevengan en el departamento, de sus miserias y ruinas…” El 7 de julio, Flores recibió órdenes de Colombia de retirarse, pero previamente debía comunicar que dejaban de existir todas las facultades extraordinarias y se deseaba regresar al cauce normal. El 20 de julio el Cabildo mostró dolor por la partida de La Mar, por haber sido nombrado Presidente de Perú. El 25 de julio, el Cabildo nombró a las autoridades sin intervención de Colombia.
En abril de 1828, Bolívar convocó a la Convención de Ocaña que duró pocos meses, se retiraron 15 diputados de un total de 61 que por orden de Bolívar querían modificar la Constitución de Cúcuta. Los demás no lo permitieron. En septiembre estalló la guerra entre peruanos y colombianos, duró hasta 1829; Bolívar llegó a Guayaquil para dirigir a sus batallones, hubo derramamiento de sangre. En los territorios fuera de Guayaquil triunfó Bolívar en la batalla de Tarqui. En Guayaquil, con el golpe de Estado en Perú que trajo la caída de La Mar y el ascenso de Agustín Gamarra, se firmó un armisticio en septiembre y las tropas peruanas se retiraron de Guayaquil. El estatus quo limítrofe se mantuvo.
Que buen recordatorio narrativo de la real historia pre-republicana del Ecuador, efectivamente con el triunfo de Bolívar en la batalla de Taraui le dio impulso para borrar el impulso centralista.