Por donde pasó Rocafuerte parecía un tornado destruyendo ideas y leyes caducas, así mismo a quienes las querían mantener. Enfrentó a los opositores con su poderosa pluma y extraordinaria oratoria. Sus polémicas con personajes de varios países no se han estudiado. Desafió a cualquiera que se le ponía en el camino de sus ideas.
En Cuba, 1820, por primera vez enfrenta a quien pensaba diferente, atacó al monarquista Tomás Romay para defender sus principios liberales; había escrito Purga Umen y recibió como réplica, Rasgo Imparcial. La respuesta de Rocafuerte fue días antes de viajar a España por solicitud de liberales cubanos y mejicanos. Romay estaba en total desacuerdo de las ideas revolucionarias de Rocafuerte. Para él Cuba siempre mantendría respeto a las autoridades monárquicas y fidelidad a España. Para él los liberales eran anarquistas y con sus “manos sacrílegas pretendían quitarles la paz y terminar con la tranquilidad que gozaban las colonias”. Al regreso a Cuba, Rocafuerte replicó: “Cuando el Dr. Romay está encorvado todavía bajo el yugo de hierro que lo abrumaba y no puede levantar la cerviz y presentarse con toda la dignidad de un hombre libre, […] ¡qué extraño es que su lenguaje sea tan servil, tan lleno de vulgaridades y tan poco digno de un americano ilustrado! Es muy difícil que los hombres rutinarios, aunque decorados del título de sabios, sepan elevarse a la altura de las circunstancias políticas, y tengan espíritu para presentar la verdad con toda la noble franqueza que caracteriza a un Ciudadano que sólo aspira, sin otras consideraciones ulteriores, a la paz, a la tranquilidad y al glorioso triunfo de la razón y de la justicia”.
En 1825 representaba a México en Gran Bretaña y censuró a José Ignacio Esteva, Ministro de Hacienda de México de haberle advertido varias veces de sacar el dinero de México del Banco Barclay y depositarlo en el Banco de Inglaterra. El primero terminó en suspensión de pagos. Esteva lo atacaba de un préstamo hecho a Gran Colombia sin autorización.
En 1826 Rocafuerte criticó a Juan Engaña que había escrito la Constitución de Chile y estaba en desacuerdo sobre algunos artículos, omitía el sistema federal y la tolerancia religiosa. Mariano, su hijo salió en su defensa; calificó a Rocafuerte como mentecato, afirmando “…la organización de su cabeza no puede combinar ni discernir las ideas que percibe […] ha convencido de que la falta de seso, así como la extensión del entendimiento, no tienen hasta ahora un límite cierto. Sobre su obra que acababa de publicar, Cartas de un americano sobre las ventajas de los Gobiernos Republicanos federativos: “Su miserable autor no sabe más de política que los términos en las antesalas de las cortes de España”.
En 1827 se opuso a que Pablo Vázquez llegara a algún acuerdo con la Santa Sede, se refería a ella como “astuta Roma”. Fue crítico de un acuerdo que el Vaticano quería firmar con México para mantener su influencia colonial en la nueva república. Rocafuerte sostenía que toda religión dominante era peligrosa por ser opresora, debía haber libertad de culto, esencial para bien de los ciudadanos. Consideraba que México debía abrir las puertas a los extranjeros protestantes; para él el Protestantismo era religión que favorecía el desarrollo económico. Opinaba ser necesaria la competencia de credos y la separación entre religión y Estado. En sus palabras: “Washington recomendaba a sus compatriotas que separaran su política de la europea, del mismo modo nos conviene a nosotros separar nuestros intereses de los de Roma, seremos tanto más felices cuanto menos dependamos de la curia…” Plasmó sus ideas en un libro Ensayo sobre la Tolerancia religiosa, publicado a 1831.
Con el periodista guatemalteco, Antonio José Irisarri defensor de Juan José Flores, también tuvo enfrentamientos. Frente a las comunicaciones A la Nación que en 1844 Rocafuerte enviaba desde Perú denunciando la dictadura de Flores, Irisarri le contestaba: “Pobre iluso, hombre sin criterio ni discernimiento…” En Londres, Rocafuerte supo que el político colombiano Juan García del Río, con ideas monarquistas quería pasaporte para ingresar a México, lo denunció y se prohibió su ingreso. Con Lucas Alamán, poderoso político mexicano también confrontó; mencioné en columna anterior.
Hasta comienzos de 1831 tuvo buenas relaciones con Lucas Alamán, poderoso político mexicano pero diferentes factores lo convirtieron en terrible adversario: asesinato de Guerrero, su posición frente a la iglesia católica, su rechazo a Bustamante como presidente, su acercamiento a senadores de la oposición, haber sido duramente censurado por entregar dinero a Gran Colombia, sus rechazos a los proyectos industriales de Alamán y no recibir su pasaporte para viajar a Guayaquil a visitar su familia; todo esto lo obligó a escribir Consideraciones Generales sobre la Bondad de un Gobierno aplicadas a las actuales Circunstancias de la República de México. Fue duro ataque a Bustamante y Alamán; describía la opresión del régimen y ponía de ejemplos, acoso a la libertad de imprenta y persecución a adversarios. Alamán replicó que Rocafuerte se había molestado porque no se aceptaba su propuesta de iluminar la capital usando gas y lo hizo responsable de muchos desaciertos. Rocafuerte lo demandó por difamación, pero el juicio no prosperó. Una nueva prisión sufrió Rocafuerte después de escribir en el Fénix atacando a Alamán de querer hacer negocios con dinero del gobierno. Se lo acusó de conspirador. Hacia esa fecha Alamán había renunciado a su cargo. Su amigo Francisco Fagoaga, quien reemplazó a Alamán, lo dejó en libertad y consiguió un salvoconducto para viajar a Guayaquil y abandonar México para siempre. En su viaje a Acapulco fue hecho prisionero por dos ocasiones.
